इथियोपिया में SARS-CoV-2 की पहचान करने के लिए चार न्यूक्लिक एसिड प्रवर्धन परीक्षणों का प्रदर्शन

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2019 कोरोनोवायरस रोग (कोविड-19) के प्रकोप के बाद से, दुनिया भर में कई वाणिज्यिक न्यूक्लिक एसिड प्रवर्धन परीक्षण (एनएएटी) विकसित किए गए हैं और मानक परीक्षण बन गए हैं। हालाँकि कई परीक्षण शीघ्रता से विकसित किए गए और प्रयोगशाला निदान परीक्षणों में लागू किए गए, लेकिन इन परीक्षणों के प्रदर्शन का मूल्यांकन विभिन्न सेटिंग्स में नहीं किया गया है। इसलिए, इस अध्ययन का उद्देश्य समग्र संदर्भ मानक (सीआरएस) का उपयोग करके एबॉट SARS-CoV-2, डैन जीन, बीजीआई और सैन्स्योर बायोटेक परीक्षणों के प्रदर्शन का मूल्यांकन करना है। अध्ययन 1 से 30 दिसंबर 2020 तक इथियोपियन पब्लिक हेल्थ इंस्टीट्यूट (ईपीएचआई) में आयोजित किया गया था। QIAamp RNA मिनी किट और एबट डीएनए नमूना तैयारी प्रणाली का उपयोग करके 164 नासॉफिरिन्जियल नमूने निकाले गए थे। 164 नमूनों में से 59.1% सकारात्मक थे और 40.9% सीआरएस के लिए नकारात्मक थे। सीआरएस (पी <0.05) की तुलना में सैन्स्योर बायोटेक की सकारात्मकता काफी कम थी। सीआरएस (पी <0.05) की तुलना में सैन्स्योर बायोटेक की सकारात्मकता काफी कम थी। Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p) <0,05). सीआरएस (पी <0.05) की तुलना में सैन्स्योर बायोटेक के सकारात्मक परिणाम काफी कम थे।सीआरएस स्रोत, सैन्स्योर बायोटेक डेटा स्रोत (p < 0.05)सीआरएस स्रोत, सैन्स्योर बायोटेक डेटा स्रोत (p < 0.05) सैन्स्योर बायोटेक के पास एक बड़ा मोबाइल फोन है सीआरएस (पी <0,05)। सीआरएस (पी <0.05) की तुलना में सैन्स्योर बायोटेक के सकारात्मक परिणाम काफी कम थे।सीआरएस की तुलना में चार विश्लेषणों की समग्र सहमति 96.3-100% थी। सैन्स्योर बायोटेक परख की कम सकारात्मकता दर के अलावा, चार परखों का प्रदर्शन लगभग तुलनीय था। इस प्रकार, सैन्स्योर बायोटेक [रिसर्च ओनली (आरयूओ)] परख को इथियोपिया में इसके उपयोग के लिए अतिरिक्त सत्यापन की आवश्यकता है। अंत में, उचित निर्माता के दावों के साथ परीक्षण का मूल्यांकन करने के लिए अतिरिक्त शोध पर विचार किया जाना चाहिए।
प्रयोगशाला परीक्षण विश्व स्वास्थ्य संगठन (डब्ल्यूएचओ) की कोरोना वायरस बीमारी 2019 (कोविड-19) तैयारी और प्रतिक्रिया (एसपीआरपी) के लिए रणनीतिक योजना का हिस्सा है। डब्ल्यूएचओ की सलाह है कि देशों को सार्वजनिक स्वास्थ्य चुनौतियों के प्रति तैयारियों, उचित केस प्रबंधन, सतर्कता और त्वरित प्रतिक्रिया में सुधार के लिए प्रयोगशाला क्षमता का निर्माण करने की आवश्यकता है। इससे पता चलता है कि उभरते संक्रामक एजेंटों की बीमारी और महामारी विज्ञान को चिह्नित करने और उनके प्रसार को नियंत्रित करने में प्रयोगशाला की भूमिका महत्वपूर्ण है।
COVID-19 के निदान के लिए महामारी विज्ञान और चिकित्सा जानकारी, व्यक्तिगत लक्षण/संकेत, और रेडियोग्राफ़िक और प्रयोगशाला डेटा2 की आवश्यकता होती है। चूंकि चीन के वुहान में सीओवीआईडी ​​​​-19 का प्रकोप सामने आया था, इसलिए दुनिया भर में कई वाणिज्यिक न्यूक्लिक एसिड एम्प्लीफिकेशन परीक्षण (एनएएटी) विकसित किए गए हैं। वास्तविक समय रिवर्स ट्रांसक्रिप्शन पोलीमरेज़ चेन रिएक्शन (आरआरटी-पीसीआर) का उपयोग गंभीर तीव्र श्वसन सिंड्रोम 2 (SARS-CoV-2)3 संक्रमण के प्रयोगशाला निदान के लिए एक नियमित और मानक विधि के रूप में किया गया है। SARS-CoV-2 की आणविक पहचान आमतौर पर ORF1a/b (ओपन रीडिंग फ्रेम 1a/b) में N (न्यूक्लियोकैप्सिड प्रोटीन जीन), E (लिफाफा प्रोटीन जीन), और RdRp (RNA-निर्भर RNA पोलीमरेज़ जीन) जीन पर आधारित होती है। . जीन) क्षेत्र की पहचान वायरल जीनोम से की गई। इन्हें वायरस पहचान4 के लिए वायरल जीनोम में पाए जाने वाले मुख्य संरक्षित क्षेत्र माना जाता है। इन जीनों में, RdRp और E जीन में उच्च विश्लेषणात्मक पहचान संवेदनशीलता होती है, जबकि N जीन में कम विश्लेषणात्मक संवेदनशीलता5 होती है।
पीसीआर परीक्षण का प्रदर्शन विभिन्न कारकों के आधार पर भिन्न हो सकता है जैसे: निष्कर्षण अभिकर्मक, प्रवर्धन/पहचान अभिकर्मक, निष्कर्षण विधि, पीसीआर मशीन की गुणवत्ता और अन्य उपकरण। अप्रैल 2020 तक, नौ देशों के 48 से अधिक विभिन्न नैदानिक ​​उपकरणों को COVID-196 निदान के लिए आपातकालीन उपयोग प्राधिकरण (EUA) प्राप्त हुआ है। इथियोपिया में, 26 सार्वजनिक स्वास्थ्य संस्थानों में SARS-CoV-2 का पीसीआर पता लगाने के लिए 14 से अधिक वास्तविक समय पीसीआर प्लेटफार्मों का उपयोग किया जाता है, जिनमें एबीआई 7500, एबॉट एम2000, रोश 48000 और क्वांट-स्टूडियो7 शामिल हैं। इसके अलावा, विभिन्न पीसीआर परीक्षण किट उपलब्ध हैं, जैसे डैन जीन परीक्षण, एबॉट SARS-CoV-2 परीक्षण, सैन्स्योर बायोटेक परीक्षण, और SARS-CoV-2 BGI परीक्षण। हालांकि आरआरटी-पीसीआर अत्यधिक संवेदनशील है, लेकिन अनुचित संग्रह, परिवहन, भंडारण और हैंडलिंग और प्रयोगशाला परीक्षण के कारण नमूनों में वायरल राइबोन्यूक्लिक एसिड (आरएनए) की अपर्याप्त प्रतियों के कारण सीओवीआईडी ​​​​-19 वाले कुछ मरीज़ गलत नकारात्मक परिणाम रिपोर्ट करते हैं। कर्मियों की स्थितियाँ और कार्य8. इसके अलावा, नमूना या नियंत्रण में गड़बड़ी, चक्र सीमा (सीटी) सेटिंग, और अन्य रोगजनक न्यूक्लिक एसिड या निष्क्रिय/अवशिष्ट SARS-CoV-2 RNA के साथ क्रॉस-रिएक्टिविटी से आरआरटी-पीसीआर9 परख में गलत सकारात्मक परिणाम हो सकते हैं। इस प्रकार, यह स्पष्ट है कि पीसीआर परीक्षण वास्तव में जीन टुकड़ों के वाहक की पहचान कर सकते हैं, क्योंकि वे वास्तव में सक्रिय वायरल जीन के बीच अंतर भी नहीं कर सकते हैं, इसलिए परीक्षण केवल वाहक की पहचान कर सकते हैं, रोगियों की नहीं10। इसलिए, हमारी सेटिंग में मानक तरीकों का उपयोग करके नैदानिक ​​प्रदर्शन का आकलन करना महत्वपूर्ण है। हालाँकि कई NAAT अभिकर्मक इथियोपियाई सार्वजनिक स्वास्थ्य संस्थान (EPHI) और पूरे देश में उपलब्ध हैं, लेकिन उनकी प्रभावशीलता का कोई तुलनात्मक मूल्यांकन अभी तक रिपोर्ट नहीं किया गया है। इसलिए, इस अध्ययन का उद्देश्य नैदानिक ​​​​नमूनों का उपयोग करके आरआरटी-पीसीआर द्वारा SARS-CoV-2 का पता लगाने के लिए व्यावसायिक रूप से उपलब्ध किटों के तुलनात्मक प्रदर्शन का मूल्यांकन करना है।
इस अध्ययन में संदिग्ध COVID-19 वाले कुल 164 प्रतिभागियों को शामिल किया गया था। अधिकांश नमूने उपचार केंद्रों (118/164 = 72%) से थे, जबकि शेष 46 (28%) प्रतिभागी गैर-उपचार केंद्रों से थे। केंद्र में इलाज नहीं कराने वाले प्रतिभागियों में से 15 (9.1%) में चिकित्सकीय रूप से संदिग्ध मामले थे और 31 (18.9%) में पुष्टि किए गए मामलों के संपर्क थे। 93 (56.7%) प्रतिभागी पुरुष थे, और प्रतिभागियों की औसत (± एसडी) आयु 31.10 (± 11.82) वर्ष थी।
इस अध्ययन में, COVID-19 के लिए चार परीक्षणों की सकारात्मक और नकारात्मक दरें निर्धारित की गईं। इस प्रकार, एबॉट SARS-CoV-2 परख, डैन जीन 2019-nCoV परख, SARS-CoV-2 BGI परख, और Sansure Biotech 2019-nCoV परख की सकारात्मक दरें क्रमशः 59.1%, 58.5%, 57.9% और 55.5% थीं। . सकारात्मक और नकारात्मक समग्र संदर्भ मानक (सीआरएस) स्कोर क्रमशः 97 (59.1%) और 67 (40.9%) थे (तालिका 1)। इस अध्ययन में, सीआरएस की परिभाषा "कोई भी सकारात्मक" नियम पर आधारित थी, जिसके तहत चार परीक्षण परिणामों में से, समान परिणाम देने वाले दो या अधिक परीक्षण परिणामों को सही सकारात्मक या नकारात्मक माना जाता था।
इस अध्ययन में, हमें सीआरएस की तुलना में सभी विश्लेषणों के लिए 100% (95% सीआई 94.6-100) का नकारात्मक प्रतिशत समझौता (एनपीए) मिला। सैन्स्योर बायोटेक्नोलॉजी विश्लेषण में न्यूनतम पीपीए 93.8% (95% सीआई 87.2-97.1) दिखाया गया और डैन जीन 2019-एनसीओवी विश्लेषण में 99.4% (95% सीआई 96.6-99.9) का समग्र समझौता हुआ। इसके विपरीत, SARS-CoV-2 BGI परख और Sansure Biotech 2019-nCoV परख के बीच समग्र समझौता क्रमशः 98.8% और 96.3% था (तालिका 2)।
सीआरएस और एबट SARS-CoV-2 परख परिणामों के बीच कोहेन का कप्पा सहमति का गुणांक पूरी तरह से सुसंगत था (K = 1.00)। इसी तरह, डैन जीन 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, और Sansure Biotech 2019-nCoV द्वारा पता लगाए गए कोहेन के कप्पा मान भी CRS (K ≥ 0.925) के साथ पूरी तरह से सुसंगत हैं। इस तुलनात्मक विश्लेषण में, ची-स्क्वायर परीक्षण (मैकनेमर परीक्षण) से पता चला कि सैन्स्योर बायोटेक 2019-एनसीओवी परख परिणाम सीआरएस परिणामों (पी = 0.031) (तालिका 2) से काफी भिन्न थे।
जैसा कि चित्र में दिखाया गया है।1 एबॉट SARS-CoV-2 परख (संयुक्त RdRp और N जीन) के न्यूनतम Ct मान (<20 Ct) का प्रतिशत 87.6% था और Sansure Biotech 2019-nCoV परख के ORF1a/b जीन Ct मान से पता चला कि निम्न का प्रतिशत Ct मान (<20 Ct) 50.3% था और उच्च Ct मान (36-40 Ct) था 3.2%. 1 एबॉट SARS-CoV-2 परख (संयुक्त RdRp और N जीन) के न्यूनतम Ct मान (<20 Ct) का प्रतिशत 87.6% था और Sansure Biotech 2019-nCoV परख के ORF1a/b जीन Ct मान से पता चला कि निम्न का प्रतिशत Ct मान (<20 Ct) 50.3% था और उच्च Ct मान (36-40 Ct) था 3.2%.जैसा कि चित्र में दिखाया गया है।1. RdRp और N) कोस्ट 87,6%, ORF1a/b सेंस्योर बायोटेक 2019-nCoV का प्रतिशत процент низкого значения Ct (<20 Ct) составлял 50,3%, а высокое значение Ct (36–40 सीटी) लागत 3,2%। 1, एबॉट SARS-CoV-2 (संयुक्त जीन RdRp और N) के न्यूनतम Ct मान (<20 Ct) विश्लेषण का प्रतिशत 87.6% था, और Sansure Biotech 2019-nCoV के ORF1a/b जीन विश्लेषण का Ct मान दिखाया गया निम्न Ct मान (<20 Ct) का प्रतिशत 50.3% और उच्च मान Ct (36-40) है सीटी) 3.2% के लिए जिम्मेदार है।如图1 所示, Abbott SARS-CoV-2 检测(结合RdRp 和N 基因)的最低Ct 值百分比(< 20 Ct)为87.6%, Sansure Biotech 2019-एनसीओवी संक्रमण ओआरएफ1ए/बी सीटी 20 सीटी 20 सीटी (<20 सीटी) 50.3% 50.3%, 2 सीटी 36-40 सीटी आय का प्रतिशत 3.2% है। जैसा कि चित्र 1 में दिखाया गया है, एबॉट SARS-CoV-2 परीक्षण (RdRp और N जीन का संयोजन) का न्यूनतम Ct मान प्रतिशत (<20 Ct) 87.6% है, Sansure Biotech 2019-nCoV परीक्षण का ORF1a/b जीन Ct मान निम्न Ct दिखाता है (<20 Ct) या प्रतिशत 50.3% है, 高Ct值(36-40 सीटी) प्रतिशत 3.2% है। Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное значение Ct (<20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. जैसा कि चित्र 1 में दिखाया गया है, एबॉट SARS-CoV-2 परख (RdRp और N जीन को मिलाकर) में सबसे कम प्रतिशत Ct मान (<20 Ct) 87.6% था, जबकि Sansure में ORF1a/b जीन का Ct मान था बायोटेक 2019 अध्ययन - nCoV के विश्लेषण में कम Ct दिखाया गया। Процент значений (<20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) लागत 3,2%। मूल्यों का प्रतिशत (<20 सीटी) 50.3% था, और उच्च सीटी मूल्यों (36-40 सीटी) का प्रतिशत 3.2% था।एबॉट SARS-CoV-2 B परीक्षण ने Ct मान 30 से ऊपर दर्ज किया। दूसरी ओर, BGI SARS-CoV-2 परख पर ORF1a/b जीन का उच्च Ct मान (> 36 Ct) प्रतिशत 4% था (चित्र 1)। दूसरी ओर, BGI SARS-CoV-2 परख पर ORF1a/b जीन का उच्च Ct मान (> 36 Ct) प्रतिशत 4% था (चित्र 1)। С ругой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составлял 4% (рис. 1). दूसरी ओर, BGI SARS-CoV-2 जीन के विश्लेषण में ORF1a/b का उच्च Ct मान (> 36 Ct) था, जिसका प्रतिशत 4% था (चित्र 1)।एक ही समय में BGI SARS-CoV-2, ORF1a/b, 36 Ct, 4%, ORF1a/b हो सकता है। दूसरी ओर, BGI SARS-CoV-2 का पता लगाने में, उच्च Ct मान (>36 Ct) वाले ORF1a/b जीन का प्रतिशत 4% है (चित्र 1)। С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими अधिकतम सीटी (>36 सीटी) लागत 4% (रु. 1). दूसरी ओर, BGI SARS-CoV-2 विश्लेषण में, उच्च Ct मान (>36 Ct) वाले ORF1a/b जीन का प्रतिशत 4% था (चित्र 1)।
इस अध्ययन में, हमने 164 नासॉफिरिन्जियल नमूने लिए। सभी प्रकार की जांचों के लिए, आरएनए अलगाव और प्रवर्धन संबंधित निर्माताओं द्वारा अनुशंसित तरीकों और किटों का उपयोग करके किया गया था।
इस अध्ययन से पता चला कि SARS-CoV-2 के लिए एबॉट के परीक्षण में 100% सकारात्मक, नकारात्मक और समग्र सहमति के साथ CRS के समान ही पता लगाने का प्रदर्शन है। कोहेन का कप्पा समझौता 1.00 है, जो सीआरएस के साथ पूर्ण समझौते का संकेत देता है। अमेरिका में वाशिंगटन विश्वविद्यालय के एक समान अध्ययन में पाया गया कि सीडीसी की प्रयोगशाला-निर्धारित परख (एलडीए) की तुलना में SARS-CoV-2 के लिए एबॉट परीक्षण की समग्र संवेदनशीलता और विशिष्टता क्रमशः 93% और 100% थी। . 11. एबॉट SARS-CoV-2 डिटेक्शन सिस्टम N और RdRp जीन की एक साथ संयुक्त पहचान पर आधारित है, क्योंकि दोनों जीन अधिक संवेदनशील हैं, झूठी नकारात्मकता को कम करते हैं12। वियना, ऑस्ट्रिया में एक अध्ययन से यह भी पता चला है कि बड़े निष्कर्षण नमूना मात्रा और पता लगाने वाले एलुएंट वॉल्यूम ने कमजोर पड़ने के प्रभाव को कम कर दिया और पता लगाने की दक्षता में वृद्धि की। इस प्रकार, SARS-CoV-2 परख के लिए एबॉट का सटीक मिलान एक प्लेटफ़ॉर्म डिटेक्शन सिस्टम से जुड़ा हो सकता है जो एक साथ कॉम्बिनेटरियल जीन का पता लगाता है, बड़ी संख्या में नमूने (0.5 मिली) निकालता है, और बड़ी मात्रा में एलुएंट (40 μl) का उपयोग करता है।
हमारे परिणामों से यह भी पता चला कि डैन आनुवंशिक परीक्षण का पता लगाने का प्रदर्शन लगभग सीआरएस के समान ही था। यह चीन के हुआनान में अनहुई विश्वविद्यालय में किए गए एक अध्ययन14 और निर्माता के 100% सकारात्मक समझौते के दावे के अनुरूप है। लगातार परिणामों की रिपोर्ट के बावजूद, एक नमूना उसी मूल्यांकन के दोबारा परीक्षण के बाद गलत नकारात्मक था, लेकिन एबॉट SARS-CoV-2 और Sansure Biotech nCoV-2019 परीक्षणों में सकारात्मक था। इससे पता चलता है कि विभिन्न प्रकार की जांचों के परिणामों में भिन्नता हो सकती है। फिर भी, चीन15 में किए गए अध्ययन में, डैन जीन परख का परिणाम उनके प्रयोगशाला-परिभाषित संदर्भ परख की तुलना में काफी अलग (पी <0.05) था। फिर भी, चीन15 में किए गए अध्ययन में, डैन जीन परख का परिणाम उनके प्रयोगशाला-परिभाषित संदर्भ परख की तुलना में काफी अलग (पी <0.05) था। Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) от их лабораторного эталонного анализа. हालाँकि, चीन15 में एक अध्ययन में, डैन जीन का विश्लेषण परिणाम उनके प्रयोगशाला संदर्भ विश्लेषण से काफी अलग (पी <0.05) था।अधिक पढ़ें结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异(p <0.05)。然而,在中国进行的研究中中15,大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0.05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Dan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению с его इटैलालोनोनिज़्म लैब्नोरोरोटोरोप्नीज़। हालाँकि, चीन15 में एक अध्ययन में, डैन के आनुवंशिक परीक्षण के परिणाम उसके संदर्भ प्रयोगशाला परीक्षण की तुलना में काफी भिन्न थे (पी <0.05)।यह विसंगति SARS-CoV-2 का पता लगाने के लिए संदर्भ परीक्षण की संवेदनशीलता के कारण हो सकती है, और कारण निर्धारित करने के लिए आगे के अध्ययन महत्वपूर्ण हो सकते हैं।
इसके अलावा, हमारे अध्ययन ने सीआरएस के साथ SARS-CoV-2 BGI परख के तुलनात्मक प्रदर्शन का मूल्यांकन किया, जिसमें उत्कृष्ट सकारात्मक प्रतिशत समझौता (PPA = 97.9%), नकारात्मक प्रतिशत समझौता (NPA = 100%), और लिंग के आधार पर समग्र प्रतिशत समझौता दिखाया गया। ओपीए)। ). = 98.8%). कोहेन के कप्पा मूल्यों ने अच्छी सहमति दिखाई (K = 0.975)। नीदरलैंड्स16 और चीन15 में अध्ययनों ने लगातार परिणाम दिखाए हैं। SARS-CoV-2 BGI परीक्षण 10 μl एम्प्लीफिकेशन/डिटेक्शन एलुएट का उपयोग करके एकल जीन (ORF1a/b) डिटेक्शन टेस्ट है। हमारे संदर्भ परिणामों के साथ अच्छे सांख्यिकीय समझौते के बावजूद, विश्लेषण में कुल नमूने के दो सकारात्मक नमूने (1.22%) छूट गए। इसका रोगी और समुदाय दोनों स्तरों पर संचरण की गतिशीलता पर बड़ा नैदानिक ​​​​प्रभाव हो सकता है।
इस अध्ययन में शामिल एक अन्य तुलनात्मक विश्लेषण Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-पीसीआर (RUO) परख था; कुल मैच प्रतिशत 96.3% था। समझौते की ताकत कोहेन के कप्पा मूल्य द्वारा भी निर्धारित की गई थी, जो 0.925 थी, जो सीआरएस के साथ पूर्ण समझौते का संकेत देती है। फिर, हमारे परिणाम चीन के चांग्शा में सेंट्रल साउथ यूनिवर्सिटी और लिउझोउ पीपुल्स हॉस्पिटल, लिउझोउ सिटी, चीन17 के क्लिनिकल प्रयोगशाला विभाग में किए गए अध्ययनों के समान हैं। भले ही उपरोक्त अच्छी सांख्यिकीय सहमति दर्ज की गई थी, ची-स्क्वायर परीक्षण (मैकनेमर परीक्षण) से पता चला कि सैन्स्योर बायोटेक परख के परिणाम में सीआरएस (पी <0.005) की तुलना में सांख्यिकीय रूप से महत्वपूर्ण अंतर था। भले ही उपरोक्त अच्छी सांख्यिकीय सहमति दर्ज की गई थी, ची-स्क्वायर परीक्षण (मैकनेमर परीक्षण) से पता चला कि सैन्स्योर बायोटेक परख के परिणाम में सीआरएस (पी <0.005) की तुलना में सांख्यिकीय रूप से महत्वपूर्ण अंतर था। इससे पहले कि आप इसे वापस कर लें статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий अधिक पढ़ें значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005). हालाँकि ऊपर अच्छा सांख्यिकीय समझौता दर्ज किया गया था, ची-स्क्वायर परीक्षण (मैकनेमर परीक्षण) से पता चला कि सैन्स्योर बायोटेक परख के परिणाम में सीआरएस (पी <0.005) की तुलना में सांख्यिकीय रूप से महत्वपूर्ण अंतर था।अधिक पढ़ें अधिकतम मूल्य सीमा (p < 0.005)尽管 记录 了上述 良好 统计 一致性 , 但 检验 ((macnemar 检验 表明 , , sansure बायोटेक 检测 结果与 crs 相比 具有 显着 ((p <0.005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。))))) Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадраt значимую разницу (p <0,005) между анализом Sansure Biotech और CRS। ऊपर बताए गए अच्छे सांख्यिकीय समझौते के बावजूद, ची-स्क्वायर परीक्षण (मैकनेमर परीक्षण) ने सैन्स्योर बायोटेक परख और सीआरएस के बीच सांख्यिकीय रूप से महत्वपूर्ण अंतर (पी <0.005) दिखाया।सीआरएस (पूरक तालिका 1) की तुलना में छह नमूने (3.66%) गलत नकारात्मक पाए गए; यह बहुत महत्वपूर्ण है, विशेष रूप से वायरस के संचरण की गतिशीलता को देखते हुए। उपरोक्त डेटा भी इस कम पहचान दर15 का समर्थन करता है।
इस अध्ययन में, प्रत्येक परख और संबंधित प्लेटफ़ॉर्म के लिए सीटी मान निर्धारित किए गए थे, एबट SARS-CoV-2 परख में सबसे कम औसत सीटी मान रिपोर्ट किया गया था। यह परिणाम SARS-CoV-2 का पता लगाने के लिए एबट की एक साथ संयुक्त आनुवंशिक परीक्षण प्रणाली से संबंधित हो सकता है। इसलिए, चित्र 1 के अनुसार, एबट SARS-CoV-2 परिणामों में से 87.6% का Ct मान 20 से नीचे था। केवल कुछ नमूना परिणाम (12.4%) 20-30 रेंज में थे। 30 से ऊपर सीटी मान दर्ज नहीं किए गए। एबॉट द्वारा SARS-CoV-2 पैनल आनुवंशिक परीक्षण प्रारूप के उपयोग के अलावा, यह परिणाम निचली पहचान सीमा (32.5 आरएनए प्रतियां/एमएल)18 से संबंधित हो सकता है, जो कंपनी की 100 आरएनए प्रतियों की निचली सीमा से तीन गुना कम है। /एमएल. एमएल)19.
इस अध्ययन की कुछ सीमाएँ हैं: सबसे पहले, संसाधनों की कमी के कारण हमारे पास मानक/संदर्भ विधियाँ [जैसे वायरल लोड या अन्य प्रयोगशाला परीक्षण (एलडीए)] नहीं हैं। दूसरा, इस अध्ययन में उपयोग किए गए सभी नमूने नासॉफिरिन्जियल स्वैब थे, जबकि परिणाम अन्य प्रकार के नमूनों पर लागू नहीं थे, और तीसरा, हमारे नमूने का आकार छोटा था।
इस अध्ययन में नासॉफिरिन्जियल नमूनों का उपयोग करके SARS-CoV-2 के लिए चार आरआरटी-पीसीआर परख के प्रदर्शन की तुलना की गई। सैन्स्योर बायोटेक परख को छोड़कर, सभी जांच परखों का प्रदर्शन लगभग तुलनीय था। इसके अलावा, सीआरएस (पी <0.05) की तुलना में सैन्स्योर बायोटेक परख में कम सकारात्मकता दर की पहचान की गई। इसके अलावा, सीआरएस (पी <0.05) की तुलना में सैन्स्योर बायोटेक परख में कम सकारात्मकता दर की पहचान की गई। Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). इसके अलावा, सैन्स्योर बायोटेक परीक्षण ने सीआरएस (पी <0.05) की तुलना में सकारात्मक परिणामों का कम प्रतिशत दिखाया।अगला, सीआरएस स्रोत, सैन्स्योर बायोटेक डेटा स्रोत (पी <0.05)。अगला, सीआरएस स्रोत, सैन्स्योर बायोटेक डेटा स्रोत (पी <0.05)。 क्रोम उत्पाद, एनाल्ज सैन्स्योर बायोटेक मोबाइल फोन के लिए कोई उपकरण नहीं результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). इसके अलावा, सैन्स्योर बायोटेक परख में सीआरएस (पी <0.05) की तुलना में सकारात्मकता दर कम थी।PPA, NPA और समग्र समझौते का Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) विश्लेषण 0.925 के समझौते मूल्य की कोहेन कप्पा ताकत के साथ 93.5% से अधिक हो गया। अंत में, इथियोपिया में उपयोग के लिए सैन्स्योर बायोटेक परख (आरयूओ) को और अधिक सत्यापन की आवश्यकता है, और व्यक्तिगत निर्माताओं के दावों का मूल्यांकन करने के लिए अतिरिक्त शोध पर विचार किया जाना चाहिए।
तुलनात्मक अध्ययन डिजाइन अदीस अबाबा, एका कोटेबे अस्पताल, मिलेनियम चर्च ट्रीटमेंट सेंटर, ज़ेवुडिटु मेमोरियल हॉस्पिटल और सेंट पीटर्स ट्यूबरकुलोसिस स्पेशलिस्ट हॉस्पिटल में चार स्वास्थ्य सुविधाओं पर आयोजित किया गया था। डेटा 1 से 31 दिसंबर, 2020 के बीच एकत्र किया गया था। इस अध्ययन के लिए चिकित्सा सुविधाओं को उनके मामलों की उच्च संख्या और शहर में प्रमुख उपचार केंद्रों की उपलब्धता के आधार पर जानबूझकर चुना गया था। इसी तरह, एबीआई 7500 और एबॉट एम2000 वास्तविक समय पीसीआर उपकरणों सहित उपकरणों को एनएएटी अभिकर्मक निर्माताओं की सिफारिशों के अनुसार चुना गया था, और इस अध्ययन के लिए चार पीसीआर डिटेक्शन किटों का चयन किया गया था, क्योंकि इथियोपिया में अधिकांश प्रयोगशालाएं कम से कम उपयोग करती थीं उनमें से चार। जीन परीक्षण, एबॉट SARS-CoV-2 परीक्षण, Sansure बायोटेक परीक्षण, और SARS-CoV-2 BGI परीक्षण अध्ययन के दौरान किया गया)।
SARS-CoV-2 के लिए परीक्षण 1 से 30 दिसंबर 2020 तक EPHI के लिए संदर्भित COVID-19 की जांच के तहत व्यक्तियों से 3 मिलीलीटर वायरल ट्रांसपोर्ट मीडियम (VTM) (मिराक्लीन टेक्नोलॉजी, शेन्ज़ेन, चीन) का उपयोग करके किया गया था। प्रशिक्षित नमूना संग्राहकों द्वारा नासॉफिरिन्जियल नमूने एकत्र किए गए और ट्रिपल पैक में ईपीएचआई को भेजे गए। न्यूक्लिक एसिड अलगाव से पहले, प्रत्येक नमूने को एक विशिष्ट पहचान संख्या सौंपी जाती है। मैन्युअल और स्वचालित निष्कर्षण विधियों का उपयोग करके आगमन पर तुरंत प्रत्येक नमूने से निष्कर्षण किया जाता है। इस प्रकार, एबॉट एम2000 के स्वचालित निष्कर्षण के लिए, प्रत्येक नमूने से 1.3 मिलीलीटर (0.8 मिलीलीटर मृत मात्रा और 0.5 मिलीलीटर निष्कर्षण इनलेट मात्रा सहित) नमूना निकाला गया और एबॉट डीएनए नमूना तैयारी प्रणाली (एबॉट आणविक इंक डेस प्लेन्स) के माध्यम से पारित किया गया। आईएल, यूएसए)। ) वास्तविक समय में SARS-CoV-2 (EUA) के दो राउंड की समग्र प्रक्रिया (पुनर्प्राप्ति और पता लगाने) में 96 [92 नमूने, दो पहचान नियंत्रण और दो गैर-टेम्पलेट नियंत्रण (एनटीसी)] का एक बैच शामिल किया गया था। खनन. इसी प्रकार, मैन्युअल निष्कर्षण के लिए, समान नमूनों का उपयोग करें (स्वचालित निष्कर्षण और खोज के लिए)। इस प्रकार, पूरी प्रक्रिया के दौरान, 140 μl नमूनों को नौ राउंड में 24 (20 नमूने, दो परख नियंत्रण और दो एनटीसी सहित) के बैचों में QIAamp वायरल आरएनए मिनी किट (QIAGEN GmbH, हिल्डेन, जर्मनी) का उपयोग करके निकाला गया। मैन्युअल रूप से निकाले गए एलुएट्स को SARS-CoV-2 BGI परख, डैन जीन परख और सैन्स्योर बायोटेक परख का उपयोग करके ABI 7500 थर्मल साइक्लर का उपयोग करके बढ़ाया और पता लगाया गया।
SARS-CoV-2 वायरल आरएनए का स्वचालित अलगाव और शुद्धिकरण एबॉट डीएनए नमूना तैयारी अभिकर्मकों का उपयोग करके चुंबकीय मनका सिद्धांत का पालन करता है। प्रोटीन को विकृत करने और RNase को निष्क्रिय करने के लिए गुआनिडीन आइसोथियोसाइनेट युक्त डिटर्जेंट का उपयोग करके नमूनों को निष्क्रिय किया जाता है और वायरल कणों का घुलनशीलीकरण किया जाता है। फिर आरएनए को सिलिका का उपयोग करके ठोस चरण पृथक्करण द्वारा प्रोटीन से अलग किया जाता है, यानी ग्वानिडिनियम नमक और लिसिस बफर का क्षारीय पीएच न्यूक्लिक एसिड को सिलिका (SiO2) से जोड़ने को बढ़ावा देता है। धोने का चरण एक स्पष्ट घोल तैयार करने के लिए बचे हुए प्रोटीन और मलबे को हटा देता है। उपकरण के चुंबकीय क्षेत्र20,21 का उपयोग करके पारदर्शी आरएनए को सिलिका-आधारित माइक्रोपार्टिकल्स से अलग किया जाता है। दूसरी ओर, आरएनए का मैनुअल अलगाव और शुद्धिकरण एक चुंबकीय स्टैंड के बजाय सेंट्रीफ्यूजेशन का उपयोग करके स्पिन कॉलम विधि द्वारा किया जाता है और एलुएंट से माइक्रोपार्टिकल्स को अलग किया जाता है।
एबॉट रियल-टाइम SARS-CoV-2 डिटेक्शन टेस्ट (एबॉट मॉलिक्यूलर, इंक.) निर्माता के निर्देशों के अनुसार किया गया था, जिसे WHO और FDA से EUA19,22 प्राप्त हुआ था। इस प्रोटोकॉल में, निष्कर्षण से पहले नमूना निष्क्रियता 30 मिनट के लिए 56 डिग्री सेल्सियस पर पानी के स्नान में किया गया था। वायरस निष्क्रियता के बाद, एबट एम2000 डीएनए नमूना तैयारी प्रणाली का उपयोग करके 0.5 मिलीलीटर वीटीएम से एबट एम2000 एसपी उपकरण पर न्यूक्लिक एसिड निष्कर्षण किया गया था। निर्माता के अनुसार. एबॉट एम2000 आरटी-पीसीआर उपकरण का उपयोग करके प्रवर्धन और पता लगाया गया, और आरडीआरपी और एन जीन के लिए दोहरी पहचान की गई। आरओएक्स) और वीआईसी पी (मालिकाना डाई) आंतरिक नियंत्रणों को लक्षित करने और पता लगाने के लिए, दोनों प्रवर्धन उत्पादों 19 का एक साथ पता लगाने की अनुमति देता है।
इस किट की एम्प्लीफिकेशन डिटेक्शन विधि वन-स्टेप आरटी-पीसीआर तकनीक पर आधारित है। लक्ष्य क्षेत्र प्रवर्धन का पता लगाने के लिए डैन जीन टेक्नोलॉजी द्वारा ORF1a/b और N जीन को संरक्षित क्षेत्रों के रूप में चुना गया था। नमूनों में SARS-CoV-2 RNA का पता लगाने के लिए विशिष्ट प्राइमर और फ्लोरोसेंट जांच (FAM के साथ लेबल की गई N जीन जांच, VIC के साथ लेबल की गई ORF1a/b जांच) को डिज़ाइन किया गया है। अंतिम एलुएंट और मास्टर मिश्रण 25 μl की अंतिम मात्रा में मास्टर मिश्रण के 20 μl में 5 μl एलुएंट जोड़कर तैयार किया गया था। एबीआई 750024 वास्तविक समय पीसीआर उपकरण पर प्रवर्धन और पता लगाने का एक साथ प्रदर्शन किया गया।
ORF1a/b और N जीन का पता Sansure Biotech nCoV-2019 न्यूक्लिक एसिड डायग्नोस्टिक किट (फ्लोरोसेंट पीसीआर डिटेक्शन) का उपयोग करके लगाया गया। ORF1a/b क्षेत्र के लिए FAM चैनल और N जीन के लिए ROX चैनल का चयन करके प्रत्येक लक्ष्य जीन के लिए विशिष्ट जांच तैयार करें। इस परख किट में, एलुएंट और मास्टर मिक्स अभिकर्मकों को निम्नानुसार जोड़ा जाता है: पता लगाने/प्रवर्धन के लिए 30 μl मास्टर मिक्स अभिकर्मक और 20 μl eluted नमूना तैयार करें। वास्तविक समय पीसीआर एबीआई 750025 का उपयोग प्रवर्धन/पता लगाने के लिए किया गया था।
SARS-CoV-2 BGI परीक्षण COVID-19 के निदान के लिए एक फ्लोरोसेंट वास्तविक समय आरआरटी-पीसीआर किट है। लक्ष्य क्षेत्र SARS-CoV-2 जीनोम के ORF1a/b क्षेत्र में स्थित है, जो एक एकल जीन पता लगाने की विधि है। इसके अलावा, मानव हाउसकीपिंग जीन β-एक्टिन एक आंतरिक रूप से विनियमित लक्ष्य जीन है। मास्टर मिक्स अभिकर्मक के 20 μl और निकाले गए आरएनए नमूने के 10 μl को एक अच्छी प्लेट26 में मिलाकर तैयार किया जाता है। प्रवर्धन और पता लगाने के लिए एक एबीआई 7500 फ्लोरोसेंट मात्रात्मक वास्तविक समय पीसीआर उपकरण का उपयोग किया गया था। सभी न्यूक्लिक एसिड प्रवर्धन, प्रत्येक परख के लिए पीसीआर चलाने की स्थिति और परिणामों की व्याख्या संबंधित निर्माता के निर्देशों (तालिका 3) के अनुसार की गई थी।
इस तुलनात्मक विश्लेषण में, हमने चार विश्लेषणों के लिए प्रतिशत सहमति (सकारात्मक, नकारात्मक और समग्र) और अन्य तुलना मापदंडों को निर्धारित करने के लिए संदर्भ मानक पद्धति का उपयोग नहीं किया। प्रत्येक परीक्षण की तुलना सीआरएस के साथ की गई थी, इस अध्ययन में सीआरएस को "कोई भी सकारात्मक" नियम द्वारा निर्धारित किया गया था और परिणाम निर्धारित किया गया था, एक परीक्षण द्वारा नहीं, हमने कम से कम दो मिलान किए गए परीक्षण परिणामों का उपयोग किया था। इसके अलावा, COVID-19 ट्रांसमिशन के मामले में, गलत नकारात्मक परिणाम गलत सकारात्मक परिणामों की तुलना में अधिक खतरनाक होते हैं। इसलिए, सीआरएस परिणाम से यथासंभव सटीक रूप से "सकारात्मक" कहने के लिए, कम से कम दो परख परीक्षण सकारात्मक होने चाहिए, जिसका अर्थ है कि ईयूए परख से कम से कम एक सकारात्मक परिणाम आने की संभावना है। इस प्रकार, चार परीक्षण परिणामों में से, दो या दो से अधिक परीक्षण परिणाम जो एक ही परिणाम देते हैं उन्हें वास्तविक सकारात्मक या नकारात्मक 18,27 माना जाता है।
संरचित डेटा निष्कर्षण प्रपत्रों का उपयोग करके डेटा एकत्र किया गया था, डेटा प्रविष्टि और विश्लेषण एक्सेल सांख्यिकीय सॉफ्टवेयर और वर्णनात्मक आंकड़ों के लिए एसपीएसएस संस्करण 23.0 का उपयोग करके किया गया था। सकारात्मक, नकारात्मक और समग्र प्रतिशत समझौते का विश्लेषण किया गया, और सीआरएस के साथ प्रत्येक विधि के समझौते की डिग्री निर्धारित करने के लिए कप्पा स्कोर का उपयोग किया गया। कप्पा मूल्यों की व्याख्या इस प्रकार की जाती है: हल्के समझौते के लिए 0.01 से 0.20, सामान्य समझौते के लिए 0.21 से 0.40, मध्यम समझौते के लिए 0.41-0.60, प्रमुख समझौते के लिए 0.61-0.80 और पूर्ण समझौते के लिए 0.81-0.9928।
अदीस अबाबा विश्वविद्यालय से नैतिक मंजूरी प्राप्त की गई थी और इस अध्ययन के लिए सभी प्रायोगिक प्रोटोकॉल इथियोपियाई सार्वजनिक स्वास्थ्य संस्थान के वैज्ञानिक नैतिकता समीक्षा बोर्ड द्वारा अनुमोदित किए गए थे। EPHI एथिक्स लाइसेंस के लिए संदर्भ संख्या EPHI/IRB-279-2020 है। सभी तरीकों को COVID-19 के उपचार के लिए इथियोपिया के राष्ट्रीय व्यापक दिशानिर्देशों की सिफारिशों और प्रावधानों के अनुसार लागू किया गया था। इसके अलावा, अध्ययन में भाग लेने से पहले सभी अध्ययन प्रतिभागियों से लिखित सूचित सहमति प्राप्त की गई थी।
इस अध्ययन में प्राप्त या विश्लेषण किए गए सभी डेटा इस प्रकाशित लेख में शामिल हैं। इस अध्ययन के परिणामों का समर्थन करने वाला डेटा उचित अनुरोध पर संबंधित लेखक से उपलब्ध है।
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पोस्ट करने का समय: दिसम्बर-08-2022
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